人里離れた沼のほとりにひっそりと暮らす緑色の怪物"シュレック”のもとに、ある夜、横暴なファークアード卿によって追放されたおとぎ話のキャラクターたちが押しかけてきた。「怪物にだってプライバシーはあるんだ!」憤慨したシュレックは、ファークアード卿に掛け合う約束をし、追手の役人から助けたおしゃべりロバ"ドンキー”とともに出発する。一方、ファークアード卿は、正当な王位を継ぐべく、妃となる王女を探していた。彼が白羽の矢を立てたのは、ドラゴンの城に幽閉されているミステリアスな美女フィオナ姫。姫を救出する兵の選考協議会へ乱入したシュレックとドンキーは、ひょんなことからファークアード卿の命で姫の救出に出るはめになった。ところが、決死の救出劇で助け出した姫には"本当の美しさ”にまつわる重大な秘密が隠されていた・・・・・・・!? 果たして彼等の運命は・・・・・。