「モンスターズ株式会社」はモンスターシティ最大の会社。生活に必要なエネルギー源である、人間の子供の悲鳴を集めるのが仕事だ。会社でNo.1の《怖がらせ屋》サリーは、有能なパートナー兼親友のマイクとともに、毎日せっせと悲鳴を集めていた。ある日サリーは、職場に小さな女の子がいることに気づいた。CDA（子供検疫局）にバレれば、会社は営業停止！　焦ったサリーとマイクは隠そうとするが、ろくにしゃべれない彼女に振り回されるばかり。だが、その愛らしさに心を動かされたサリーは彼女を「ブー」と命名。人間界に返そうと悪戦苦闘する。そんなサリーとマイクに、トップの座を狙う卑劣なランドールが急接近。どうやら、ブーの侵入にはランドールが関わっているらしい。さらに、モンスターズ社に渦巻く巨大な陰謀が明らかに・・・・・・果たしてサリーとマイクは、ブーを守ることができるのか！？